В составе института работает семь лабораторий:
Лаборатории:
- Лаборатория спутниковых и геодинамических исследований
- Лаборатория космического мониторинга ЧС
- Лаборатория картографии и ГИС
- Лаборатория динамики литосферно-ионосферных процессов
- Лаборатория моделирования водно-экологических ресурсов
- Лаборатория диагностики и прогноза космической погоды
- Лаборатория надежности и безопасности орбитальных и наземных космических систем
- Лаборатория нестационарных процессов в атмосфере и ионосфере
- Лаборатория геомагнитных исследований