В составе института работает два отдела, включающих в себя семь лабораторий:
Отдел наземно-космического, геодинамического и геофизического мониторинга
Лаборатории:
- Лаборатория спутниковых и геодинамических исследований
- Лаборатория комплексного анализа данных наземно-космических исследований
- Лаборатория картографии и ГИС
Отдел прикладной геофизики
Лаборатории: