В составе института работает семь лабораторий:
Лаборатории:
- Лаборатория спутниковых и геодинамических исследований
- Лаборатория комплексного анализа данных наземно-космических исследований
- Лаборатория картографии и ГИС
- Лаборатория диагностики и прогноза космической погоды
- Лаборатория надежности и безопасности орбитальных и наземных космических систем
- Лаборатория нестационарных процессов в атмосфере и ионосфере
- Лаборатория геомагнитных исследований